Nedílnou součástí mnohostranné tvorby Františka Muziky vedle malby, kresby a grafiky byla také ilustrace, krásné písmo, karikatura a scénické návrhy pro divadlo. Muzika byl členem Devětsilu (1921), Nové skupiny (1923) a SVU Mánes (1923). Věnoval se výtvarné kritice a působil jako pedagog na Vysoké škole uměleckoprůmyslové (1945–1970). Vedle samostatných výstav doma i v zahraničí bylo dílo Františka Muziky představeno také v souvislostech významných mezinárodních projektů, Benátského bienále (1948, 1964), výstavy Obsessions et Visions v Paříži (1968), hnutí Phases v Bruselu (1969) či na výstavě Surrealismus in Europa v Kolíně nad Rýnem (1969).

Počátkem třicátých let, kdy u autora ještě doznívala lyrická postkubistická stylizace tvarů ve figurálních námětech, datujeme začátek Muzikova imaginativního období, v němž se o slovo hlásí archetypální představy a sny. Muzika netvořil dle přírody, reflektoval imaginativní krajinu své mysli. Romantizující vize zaznamenával klasickou výtvarnou formou. V kresbě a grafice se setkáváme se základním symbolickým jazykem pro Muziku charakteristických motivů, jež v průběhu let procházejí jeho dílem v nesčetných proměnách: ruiny zdí, antropomorfizované skály, torza, drapérie, lastury, ruce. Situovány jsou v chiricovském neskutečném scénickém prostoru dodávající výjevům charakter snové představy. Tragiku doby Muzika reflektoval v motivech Zápasů (1937), Raněného (1937) a Ženách u hrobu (1939). Během válečných let vznikaly fantómy a ireálné snové výjevy (Velký sen, 1942), prodchnuté dobovým smutkem a melancholií. Vystaveny jsou také skici zběžně načrtnuté tužkou bezprostředně zachycující prvotní tvořivý impuls inspirace, z nichž některé později vykrystalizovaly v malířské provedení (Requiem, Zrození Venuše).

V poválečné tvorbě Františka Muziky dochází k tematické proměně. Začaly se objevovat vegetativní motivy lesů, bažin a stromů, které postupně přecházely do organických buněčných struktur (Strom u domu, 1952). V šedesátých letech do Muzikova díla vstupuje mýtická kultovní architektura v podobě Elsinoru (1963) a Věží (1967). Motiv ženského torza, Muzikův přelud prázdných drapérií, se proměnil v cyklus snových Larev (1967), které se zjevily i v pozdní sérii monumentálních Schodišť (1971), přízračných scén předznamenávajících malířův závěr života.